По времето на цар Петьр I той се развива като важно духовно средище. По времето на византийския император Алексий I Комнин /1081-1118/ манастирът се е ползвал с привилегии.

След нашествието на турците и превземането на София, Светата обител е разрушена в края на XIV век. Възстановена е век по-късно, но едва през XVII век успява да възвърне до известна степен влиянието и богатството си. В края на XVIII век оттук минават кърджалийски банди и повторно разоряват това Свято място. Монасите, оцелели от това нападение, с помощта на местни хора започват възстановяването на обителта през 1818 г.

През 1885 г. тогавашният игумен Никифор и брат му Кирил решават да съградят манастира наново, като събарят старата църква и построяват нов храм на нейно място. Иконите са изрисувани през 1886 г. от известни представители на Самоковската живописна школа - братята Иван и Никола Доспевски. В края на XIX век на посещение тук са Княз Фердинанд и Княгиня Мария Луиза, които посадили дървета секвои, издигащи се величествено и до днес.

През 1928 г. Софийският митрополит и бъдещ български Екзарх Стефан предоставя манастира за подворие на българския манастир "Св. Георги Зограф" на Света Гора - Атон.

През 2011 г. иконостасът на манастира е напълно реставриран по проект, реализиран от Сдружение "Евро-български културен център" и финансиран от Столична програма "Култура" В подкрепа на кандидатурата на София за европейска столица на културата през 2019 г.

Обявен за "Художествен Паметник на културата с местно значение" през 1971 г.

Храмов празник е - 1 ноември - денят на св. Иван Рилски по стар стил. | БГНЕС