През февруари 1990 г. е създадена Федерацията на клубовете за демокрация с председател Петко Симеонов и Оперативно бюро в състав - Желю Желев, Ивайло Трифонов, Николай Матов, Георги Друмев, Георги Мишев, Димитър Луджев, Блага Димитрова. Д-р Желев е съосновател на СДС. Президент е на България от 1990 до 1997 г. За първия мандат от 1990 до 1992 г. е избран за председател (президент) от Народното събрание на мястото на подалия оставка Петър Младенов. По негово предложение за вицепрезидент е избран Атанас Семерджиев.
На 12-19 януари 1992 година д-р Желю Желев печели преките президентски избори. За втория мандат от 1992 до 1997 г., след законодателни промени, е избран за президент в екип с вицепрезидента Блага Димитрова. Председател е на Балканския политически клуб, основан на 26 май 2001 година по негова идея. В учредителното събрание под мотото "Да европеизираме Балканите" тогава участват президентите Йон Илиеску, Сюлейман Демирел, Емил Константинеску, Киро Глигоров, политически лидери от Босна и Херцеговина, Гърция, Албания, Македония, Турция.
Президентът Желю Желев е носител на най-високото държавно отличие орден "Стара планина" I степен, както и на множество академични и държавни награди. /БГНЕС